ファーミキューテス門（グラム陽性細菌門）（枯草菌、乳酸菌、ボツリヌス菌 など）
ゲマティニバス門
ニトロスピラ門
ディクティオグロムス門
デフェリバクター門
テルモデスルフォバクテリウム門
スピロヘータ門
プランクトミケス門
放線菌門（結核菌、ビフィズス菌、ストレプトマイシン生産菌 など）
フィブロバクター門
バクテロイデス門
クロロビウム門（緑色硫黄細菌）
レンティスファエラ門
クラミジア門
ヴェルコミクロビウム門
アシドバクテリウム門
プロテオバクテリア門（根粒菌、紅色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌、リケッチア、大腸菌 など）
フソバクテリウム門
クリシオゲネス門
アキフェックス門
テルモトガ門
クロロフレクスス門（緑色非硫黄細菌）
デイノコックス門
シアノバクテリア門（ラン藻類）