Enzyme file format
複数(1つ以上)の制限酵素を検索する際に使用する、制限酵素ファイルのフォーマットは以下の通りです。
また、prototype がない場合は「-」で記載してください。
[enzyme name][TAB][prototype][TAB][recognition sequence]
 
制限酵素ファイルの例は以下の通りです。
AaaI(XmaIII)C^GGCCG
AacI(BamHI)GGA^TCC
AatI-GACGT^C
AcaII(BamHI)GGATC^C

 Enzyme file download
Rebaseから取得した制限酵素ファイルを、当ツール規定のフォーマットに整形したファイルはこちらからダウンロードできます。
※ただしカットサイトがないものは含んでおりません。
ファイル名 内容
rebase_format13_6-8.txt TypeIIの6塩基または8塩基認識サイト
rebase_format13_all.txt TypeIIの全制限酵素
rebase_format30_6-8.txt TypeIIうち商用の6塩基または8塩基認識サイト
rebase_format30_all.txt TypeIIうち商用の全制限酵素

 Enzyme search result
制限酵素認識配列の位置は、入力配列に色付けして表示します。
また、制限酵素認識配列のカット位置には、制限酵素名を表示します。

以下の結果(制限酵素名:AatI[ AGG^CCT ])は

[AatI]は4-9に出現し、同制限酵素は6-7の間でカットする。

という結果を示しています。
12345678901234
CTGAGGCCTAAAAA
      AatI