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About BLASTScope

BLASTScopeは、BLAST結果ファイルから模式図を作成するツールです。
BLASTの結果を、並び替えて表示したり、指定した領域だけ表示したりすることができます。
BLASTScopeは、WEB上でのサービスを行っています。


BLASTScopeの特長
BLASTScopeには、次のような機能があります。
  • ソート機能
  • BLASTの検索結果を、BitScore(デフォルト)、クエリ配列の位置、Definition(注釈)、アライメントの長さ で並び替えることができます。
    (右図:クエリ配列の位置で並び替えを行った例)
    BLASTScopeImage
  • グルーピング機能
  • BLASTデータベースの配列の注釈行がこの機能に対応した形式であった場合、グループ分けをしてグループごとに1行にまとめて表示することができます。
    通常は、すべての検索結果を1行にまとめて表示します(右模式図参照)。
    BLASTScopeImage
  • Query表示領域指定機能
  • 全体のBLAST結果の中から自分の注目したい領域を拡大して表示することができます。

    その他、様々なオプション機能を使って自由に画像をカスタマイズし、効率的に解析作業を進めることができます。


    BLASTScopeの使用手順 ( Web版 )
    BLASTScopeImage 検索フォームページ
    コピー&ペースト、またはファイルの指定によりクエリ配列を指定します。
    また、BLASTプログラムの検索時の設定と、BLASTScopeによる表示の設定を行います。
    "Search" ボタンをクリックすると、BLAST検索が開始されます。
    BLASTScopeImage
    BLASTScopeImage 検索結果表示ページ
    検索結果が、模式画像・一覧表・アライメント表示の形式で表示されます。
    画像の相同領域部分をクリックすると、アライメント表示へとジャンプします。
    ページ最上部の入力部分で表示に関する設定を行い、"Display"ボタンをクリックすると、 同じ検索結果を新しい設定で表示しなおすことができます。


    BLASTScopeの使用手順 ( スタンドアロン版 )
    BLASTScopeImage クエリ配列(FASTA 形式)ファイル
    BLASTで検索を行う配列をFASTA形式のファイルで用意します。
    BLASTScopeImage
    BLASTScopeImage
    BLASTを実行
    引数に "-m 7" を指定して、XMLファイルに出力します。
    BLASTScopeImage
    BLASTScopeImage BLAST結果ファイル
    XML形式のファイルです。
    BLASTScopeImage
    BLASTScopeImage BLASTScopeを実行
    引数 "-i" にファイル名を指定してXML形式ファイルを読み込みます。
    BLASTScopeImage
    BLASTScopeImage BLASTScopeの実行結果
    HTML形式ファイルと、複数の画像ファイルが作成されます。
    HTML形式ファイルをブラウザで開くと、左図のように表示されます。


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