BLAST Help
使用できる検索プログラム
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blastn - 塩基配列を塩基配列データベースと比較します。
blastp - アミノ酸配列をアミノ酸データベースと比較します。
blastx - アミノ酸配列データベースに対して、塩基酸配列を6通りすべての reading frames について
翻訳して比較します。
パラメーター
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expect
出力される配列に関して統計的な閾値を指定します。この値は、データベースの関連のない配列中から
偶然に一致する配列の数の期待値であり、この条件よりも偶然に一致する配列が少ないと統計的に計算
された配列が出力されます。多くの相同な配列を出力させるには、この値を大きく指定します。逆に、
非常に高い相同性を持つ配列だけを出力させるには、この値を小さく指定します。
filter
ON : クエリ配列のうち構造の複雑度が低い領域はフィルタリングされ、無視されます。
一般に複雑度の低い領域は構造的な偏りが反映されて、異常に高いスコアがつく傾向があります。
フィルタリングを行うことにより、 proline-rich 領域や poly-A tails に対する一致など、
有意でない一致を結果から除くことができます。
blastn 使用時にはプログラム DUST により、他の場合はプログラム SEG によりフィルタリング
が行われます。
フィルタープログラムによって見つけられた低複雑度領域には、"N"(塩基配列、例:"NNNNNNNNNNNNN")
または"X"(タンパク質配列、例:"XXXXXXXXX")の文字が代入されます。
OFF: フィルターを行いません。
query_code (blastx only)
blastxプログラムを使用した場合、翻訳で使用されるクエリー配列の遺伝コードを指定する。
1 = 標準
2 = 脊椎動物のミトコンドリア
3 = イースト菌のミトコンドリア
4 = 腐植土のミトコンドリア
5 = 無脊椎動物のミトコンドリア
6 = 繊毛虫のミトコンドリア
9 = 棘皮動物のミトコンドリア
10 = Euplotidの核
11 = バクテリア
12 = Alternative Yeast Nuclear
13 = Ascidianミトコンドリア
14 = 扁形動物のミトコンドリア
15 = Blepharisma Macronuclear
デフォルト値: 1