cDNA ( Data source : RAP-DB )

cDNA Detail

jump to Other species ESTs data to homologous Rice cDNA

General information
RAP - Accession No.	AK066160 Link to RAP-DB ( IRGSP 1.0 )
RAP ID	Os01g0922800 ( IRGSP 1.0 )
RAP - Chromosome No.	1
RAP - Location, Length	42,113,056 - 42,133,044 ( + ) ; 19,989(bp)

Exon (Data source : RAP-DB)
Exon 1	Location	42,113,056 - 42,113,376 ( + ) ; 321 (bp)
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Exon 4	Location	42,131,570 - 42,131,666 ( + ) ; 97 (bp)
Exon 5	Location	42,132,541 - 42,133,044 ( + ) ; 504 (bp)

Related Rice IDs
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Sequence (Data source : RAP-DB)
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cattgcaatg aatctcaaaa ggtgcacagt aattttgaag tctatttaaa 013141 ttctaaacaa accacaattt aaaaatagcc aaactatgtg acaagatata caaatcattc 013201 attaaagagg tggcacacta gagccaccac tagtcatttt atatagaaga aataaattta 013261 gattgtccaa caataccttt ttttttctaa aaccttattc catcatatat ttttttaaga 013321 actgaaactc cgttgtaatg tagacatttt accattcaaa gaaatgctaa tatggttggg 013381 aattatttta tacttgcatt agatcatcta ttataacctt gatgtgagta tccataggat 013441 tcgtgaattc taattaacaa tactgcgaaa tatgtaacac ttttaacata acattcacgt 013501 tataatgatg ttagttaaaa ctttattaac atccaaaaca attttttcat tggacaaata 013561 aatgctcaca aggaaataga tgttatctca aattggtatg aagataaaga atggttgact 013621 aaggaatcta ttaaaatacc ttttttttca ctgtgtaact tgttggtttg ctttacacta 013681 gtactttatt ttttgggttc ttttgtattt cttatagcaa tgtcattctt gtgcttatct 013741 cctttgctgt gttttaaaca taaacatcat gttttgcatt gatttccctg tgttgctaaa 013801 tatgtgtgtt ttgatattta tcatgttcta ttatttaaat atgcatgaat tgaagtatac 013861 tcatatatcc tatttccaca atacatactt tagtttgtta ccaactatgc 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Sequence (Data source : RAP-DB)

Nucleotide
Fasta Format

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005581 cttagatgaa cttaagggga ttgtggaaga caacaattgt cagacgttga tgaagatcca 
005641 tgcatttgtt tttatatgta tcttgatcat tcatctatac taatataaaa gatgctagcg 
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005881 tatatacaag gagccatttt ttcttaaaag gcatgtgcat tatgctatta tgattgataa 
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006121 tgcataacat ctgacttata cttttgtcat ttctccatgt gaaagtgtta agtcaaaagt 
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018901 ggcagcatct ctccttgcat gtggctgtct tgataatttc agatttttca gtgtgacaca 
018961 ccaggatata ttatataact actatgtagt cgtccttaag cacagataac tatattcgtg 
019021 gatatcatat aatcaattga aatgaactgg gagatctatc atcgatgctg agattggtgt 
019081 gcttcattca aaagcgctgc gagaaaactc tgtatgcggg caatactatt gcataaactg 
019141 ttgatgtcaa aaataactga tattttctgg ttgtactcta atcaagcttc ttgtgatgtt 
019201 tttctttttt gaatacttca actgaaggcc gtgaaaccgg cccacctctc cgttctgccg 
019261 ttttagtaag cctagtaaca gaacagggat ataatgattg gcacccatgg attcagtcct 
019321 gatagttttg caatattgtc agctacctga aatgacaact aaaatgttca gttcatgata 
019381 acagaacatg tctgtcagtt acctgaagat gttgataatt cctaaatgtg gttttttttt 
019441 gtccctgtta tttgtccgtt tacctttcct tgttttggat tgcagatgtt ggcaaaacaa 
019501 aatggtgaag ggagtaggag cagagcaaac tccagtggct ctagggggca ggaggaagga 
019561 agtgcatgag caggaagcac aggtgtcctg tgcataagtt tggcagtgca tgcacctccc 
019621 aaattaaaaa gctaataaaa aaaagagaaa atggtgcatg ctctgtttgc tgccagtttc 
019681 tcccactgat tgatcccagg tagagaaaag agttgccatg gcctctggct ctgcttgtta 
019741 gatcaagggg gggagatgga ataaaaggat ggggaagtat tcaggttctt gtaatgaaga 
019801 cctatgctgt ggtgttttag caatgtttga tatgtgtgct acctgtgttt gactggttgt 
019861 gttgcttgat gtgtcatctg accatgatac tgaaagcctg ataattgcac tgacttgtgt 
019921 atggagtttg tttcaaccta ttggtatgaa tctgtttgat tctgtaggaa ctgtggtttg 
019981 ctgtttgcc

Notice:The following homologous wheat ESTs and barley ESTs are BLAST results with E-values less than e-20.

Hit Wheat ESTs
Acc. No.	Clone Name	Length
CJ933743	whchan15j14	721
more... (Total Hit Count: 57 )

SSR Marker	INDEL Marker	BAC PAC	Gene locus	cDNA	cDNA:Hit Barley ESTs
cDNA:Hit Wheat ESTs		INSD(DDBJ/NCBI/EMBL) entry		INSD mRNA entry	GC contents

Rice Database Oryzabase

cDNA ( Data source : RAP-DB )

cDNA Detail

Chromosome: 1 , position: 42,113,056 - 42,133,044 bp